A környezeti mintavételezés elsődleges célja, hogy még azelőtt felismerje és lehetőség szerint megszüntesse az üzemi környezetben jelen lévő kórokozók és romlást okozó mikroorganizmusok által jelentett veszélyeket, mielőtt azok ténylegesen megjelennének a késztermékben. Ez a megelőző szemlélet kulcsfontosságú az élelmiszerbiztonság szempontjából, hiszen a mikrobiológiai szennyeződések gyakran nem a nyersanyagból, hanem a gyártási környezetből származnak.

A megfelelően kialakított és rendszeresen végzett környezeti mintavételezés lehetővé teszi a gyártási területek higiéniai állapotának folyamatos nyomon követését, a kritikus pontok azonosítását, valamint a tisztítási és fertőtlenítési eljárások hatékonyságának ellenőrzését. Ezáltal jelentősen csökkenthető az élelmiszerek mikroorganizmusokkal történő keresztszennyeződésének kockázata, ami nemcsak a fogyasztók egészségét védi, hanem hozzájárul a vállalat jó hírnevének és piaci pozíciójának megőrzéséhez is.